《星球大战：零号连队》的故事发生在克隆人战争尾声。 官方只把它表述为「克隆人战争的最后阶段」，并没有锁定具体年份；玩家与媒体通常将开场考据为约19 BBY，也就是《西斯的复仇》前不久。
霍克斯与零号连队
你扮演霍克斯，一名失势的前共和国上尉，率领佣兵部队「零号连队」。部队以停靠在卡弗林星环的改装货船「老巢」为据点，专门接手共和国和绝地议会无法公开承认的秘密任务。
无限线圈
战役的核心反派是昆德里·法瑟姆。她统领亲分离主义的准军事邪教「无限线圈」，四处散布「暗影瘟疫」，把被共和国抛弃的弱势群体一批批转化为教众。
三方敌人
-无限线圈——核心邪教，需要按特定顺序铲除其头目。 -分离主义机器人军团——B1 战斗机器人、突击机器人、毁灭者与超级战术机器人，离子武器最有效。 -法外之徒——靠人数和伏击作战的走私者、劫掠者与雇佣兵。
各单位的详细反制策略见敌人与阵营。
剧情跨越 66 号密令
战役并不会在共和国覆灭前画上句号。后期帕尔帕廷宣布绝地叛国，银河帝国取代共和国，66 号密令激活克隆干员崔克脑中的抑制芯片。零号连队随后与雷克斯上尉相遇，深入帝国占领的昂巴拉与当地抵抗势力并肩作战，重整旗鼓后展开对法瑟姆的最终追猎。