『スター・ウォーズ ゼロ・カンパニー』の舞台はクローン戦争の末期です。 公式は具体的な年号を固定せず、あくまで「クローン戦争の終盤」としています。ファンやメディアの考証では、開幕はおよそ19 BBY、『シスの復讐』の直前とされることが多いです。
ホークスとゼロ・カンパニー
プレイヤーが演じるのは、かつて共和国軍の大尉だったホークス。小惑星帯カフリーン・リングに停泊する改装貨物船「デン」を拠点に、共和国やジェダイ評議会が公式に認められない秘密任務を請け負う傭兵部隊ゼロ・カンパニーを率います。
インフィニット・コイル
物語の中心にいる敵は、分離主義勢力寄りの準軍事カルト「インフィニット・コイル」と、その首魁クンドリ・ファゾムです。カルトは「シャドウ・プレイグ（影の疫病）」を広め、弱い立場の住民を次々と教団へ取り込んでいきます。
三つの敵勢力
-インフィニット・コイル — 首魁を一定の順番で排除していくことになる中央のカルト。 -分離主義勢力のドロイド軍 — バトル・ドロイド、コマンド・ドロイド、ドロイデカ、スーパー・タクティカル・ドロイド。イオン兵器が有効です。 -無法者 — 数と待ち伏せで攻めてくる密輸業者や略奪者、傭兵。
ユニットと対策の詳細は敵と勢力へ。
物語はオーダー66を越える
キャンペーンは共和国の崩壊前に終わりません。後半ではパルパティーンがジェダイを反逆者と宣言し、銀河帝国が共和国に取って代わり、オーダー66がクローン・オペレーター「トリック」の抑制チップを起動させます。ゼロ・カンパニーはその後レックス大尉と出会い、帝国占領下のアンバラで現地の抵抗勢力と協力。部隊を立て直してからファゾムへの最終追撃へ向かいます。